MiSeq台式测序仪能使您实现更专门的应用，比如靶向基因测序、宏基因组测序、小型基因组测序、靶向基因表达、扩增子测序以及HLA分型。新的MiSeq试剂以25 M测序片段数(reads)和2x300 bp读长实现了高达15 Gb的产量。MiSeq是能在单次运行中产生2x300 bp读长和高达15 Gb数据的台式测序仪。这实现了小型基因组的组装或目标变异的准确检测，特别是在同聚物区域。如今，更多的样品也能在较少时间内处理，同时在每次运行中产生比以往任何版本更多的reads。所有这些都在“从样品到数据”的台式测序仪上成为了现实。

MiSeq测序系统应用：

1、快速的多样本16S扩增子测序——通过快速的多样本16S扩增子测序得到属一级别的鉴定结果。

2、适用于MiSeq系统的Nextera样品制备——快速的测序文库制备使得小型基因组 de novo 拼接更快更好。

3、在MiSeq系统上进行测序文库QC ——大规模测序研究之前，预先配置好的自动化QC流程。 

4、MiSeq系统上高速、多样本的微生物测序——科罗拉多大学的研究人员对16S rRNA基因进行测序，以评估微生物多样性。  

5、E.coli 在MiSeq 系统和Ion Torrent PGM 系统上的测序结果——在MiSeq系统上对E. coli strain DH10B 进行测序的结果质量指标。  

6、E.coli 在MiSeq 系统HiSeq 系统上的从头测序组装——高质量的双端对读序列保证de novo基因组的优越组装结果。  

7、MiSeq 高效细菌分型——用illumina系统对2011年CDC收集的李斯特杆菌爆发样本进行溯源分析。  

8、生物制药质控——默克雪兰诺用MiSeq系统在生物制药过程中进行质控。