在MiniAmp PCR实验（通常指小规模或高通量PCR体系）中，常用的染料主要分为‌核酸凝胶电泳染料‌和‌实时荧光定量PCR染料‌两大类，其选择需兼顾灵敏度和安全性。以下是具体分类及特性：

一、核酸凝胶电泳染色染料（用于PCR产物检测）

用于琼脂糖凝胶电泳中DNA条带的可视化：

1、SYBR系列（如SYBR Green I）

与双链DNA特异性结合后荧光增强，灵敏度高；

需注意高浓度可能抑制PCR反应。

EvaGreen

饱和型染料，可在高浓度下使用而不抑制扩增，适合高精度定量和熔解曲线分析。

GoldView

低毒性替代EB的染料，激发后呈绿色荧光

溴化乙锭（EB）

经典染料，但具强致癌性，操作需严格防护，逐渐被淘汰。

二、实时荧光定量PCR染料（qPCR）

用于监测PCR扩增过程的荧光信号累积：

1、SYBR Green I

原理：嵌入DNA双链小沟，荧光信号强度与产物量正相关；

优点：通用性强、成本低；

缺点：易受引物二聚体干扰，需熔解曲线验证特异性。

2、TaqMan探针

原理：5'端荧光基团与3'端淬灭基团分离后发光，特异性高。

优势：适用于SNP检测及多重PCR，背景噪音低。

3、分子信标（Molecular Beacons）

茎环结构探针，靶序列结合后发荧光，适合突变检测。

三、特殊场景染料

1、嵌合型染料（如Syto82、Syto9）对扩增抑制小，灵敏度高。

2、比色染料（如HNB）通过颜色变化判断结果，无需仪器。

四、总结

1、泳检测：推荐SYBR Safe或GoldView（安全性高）。

2、qPCR检测：SYBR Green I（经济通用）或EvaGreen（高稳定性）。

3、特殊应用：CF®染料适用于荧光标记探针合成。